Секвенирование нового поколения при раке (NGS-тестирование)
Секвенирование нового поколения прочитывает сотни генов опухоли из одной биопсии или образца крови и находит мутации, слияния и маркеры, которые определяют выбор таргетной терапии и иммунотерапии. ESMO рекомендует его при распространенном раке легкого, предстательной железы, кишечника, желчных протоков, яичников и молочной железы. Наша команда объясняет заключение, отмечает наследственные находки, а пациенты из других стран могут отправить парафиновые блоки или кровь курьером, не приезжая лично.
Об этом отделении
Две опухоли, которые под микроскопом выглядят одинаково, могут управляться разными генами. NGS прочитывает эти гены и указывает на подходящий препарат.
Секвенирование нового поколения, или NGS, представляет собой лабораторный тест, который одновременно прочитывает ДНК опухоли, а в хороших панелях и РНК, по десяткам и сотням генов. Тест ищет мутации, слияния и амплификации, которые управляют ростом опухоли, а также маркеры, такие как микросателлитная нестабильность и мутационная нагрузка опухоли, которые предсказывают ответ на иммунотерапию. Подходит ткань из уже выполненной биопсии или операции, подходит и кровь. Европейское общество медицинской онкологии теперь рекомендует NGS опухоли в рутинной практике для десяти групп распространенного рака, среди них рак легкого, предстательной железы, кишечника, желчных протоков, яичников и молочной железы (Mosele и соавторы, Annals of Oncology, 2024). Результат может открыть доступ к таргетному препарату, показать, что препарат не подействует, выявить наследственную мутацию, важную для семьи, или дать пациенту возможность участвовать в клиническом исследовании. На этой странице объясняется, как работает NGS, при каких опухолях он нужен, какие методы лечения назначаются по гену независимо от того, где возникла опухоль, чем отличаются исследование ткани и крови, какие этапы и сроки предстоят, как читать заключение и как пациенты из других стран могут отправить образцы в Университетскую больницу Бируни в Стамбуле.
Что такое NGS
| Тип изменения | Что это означает | Пример |
|---|---|---|
| Точечная мутация | Изменена одна буква кода ДНК | EGFR L858R при раке легкого, BRAF V600E |
| Слияние | Два гена разрываются и соединяются, образуя аномальный белок | Слияния ALK, ROS1, RET и NTRK |
| Амплификация | Дополнительные копии гена | HER2, MET |
| Полногеномные маркеры | Закономерности по многим генам | Микросателлитная нестабильность, мутационная нагрузка опухоли, дефицит гомологичной рекомбинации |
Размер панели
| Тест | Прочитываемые гены | Типичное применение |
|---|---|---|
| Тест на один ген, ПЦР | Один ген или несколько горячих точек | Быстрый ответ на один вопрос, например по EGFR |
| Таргетная панель NGS | От 50 до 500 генов | Стандарт помощи при распространенном раке |
| Полный экзом или геном | Все гены | Исследования и отдельные редкие случаи |
Комплексная панель на одном образце заменяет цепочку отдельных тестов, экономит ткань и дает полную картину до первого решения о лечении.
При каких опухолях он нужен
| Опухоль | Основные гены и маркеры | Какое лечение они открывают |
|---|---|---|
| Неплоскоклеточный рак легкого | EGFR, ALK, ROS1, BRAF, KRAS G12C, MET, RET, NTRK, HER2 | Осимертиниб, алектиниб, лорлатиниб и другие таргетные таблетки |
| Рак предстательной железы | BRCA1, BRCA2 и другие гены репарации | Олапариб и другие ингибиторы PARP |
| Рак кишечника | RAS, BRAF, MSI, HER2 | Анти-EGFR антитела, энкорафениб, иммунотерапия |
| Рак желчных протоков | IDH1, FGFR2, BRAF, HER2, MSI | Ивосидениб, ингибиторы FGFR |
| Рак яичников | BRCA1, BRCA2, дефицит гомологичной рекомбинации | Ингибиторы PARP |
| Рак молочной железы | PIK3CA, ESR1, AKT1, PTEN, BRCA | Алпелисиб, капиварсертиб, элацестрант |
| GIST, саркома, рак щитовидной железы, рак из невыявленного первичного очага | KIT, PDGFRA, RET, BRAF, NTRK и другие | Иматиниб, селперкатиниб и другие |
ESMO рекомендует NGS опухоли при распространенном неплоскоклеточном раке легкого, раке предстательной железы, колоректальном раке, раке желчных протоков и яичников, а с 2024 года также при распространенном раке молочной железы и при редких опухолях, таких как гастроинтестинальные стромальные опухоли, саркома, рак щитовидной железы и рак из невыявленного первичного очага (Mosele и соавторы, 2024).
Лечение при любом типе опухоли
Одобрения независимо от типа опухоли
| Находка | Препарат | Частота |
|---|---|---|
| Слияние NTRK | Ларотректиниб, энтректиниб, репотректиниб | Менее 1 процента при распространенных опухолях, очень часто при некоторых редких |
| Высокая MSI или дефицит системы репарации неспаренных оснований | Пембролизумаб, достарлимаб | Около 4 процентов распространенных опухолей, чаще при раке тела матки и кишечника |
| Высокая мутационная нагрузка опухоли | Пембролизумаб | Сильно различается в зависимости от типа опухоли |
| BRAF V600E | Дабрафениб с траметинибом | Часто при меланоме и раке щитовидной железы, редко в других случаях |
| Слияние RET | Селперкатиниб | От одного до двух процентов случаев рака легкого, редко в других случаях |
Общая частота ответа на ларотректиниб составила 75 процентов у 55 пациентов с 17 различными типами опухолей с TRK-слиянием, в возрасте от 4 месяцев до 76 лет (Drilon и соавторы, 2018).
Почему один тест вместо многих
Ткань быстро заканчивается.
Биопсия легкого, выполненная иглой, может дать всего несколько миллиметров опухоли, и каждый одногенный тест требует срезов из одного и того же блока. Исследование EGFR, затем ALK, затем ROS1, затем PD-L1 одно за другим может израсходовать образец еще до того, как будет получен ответ на последний вопрос, а повторная биопсия означает еще одну процедуру и недели задержки, пока опухоль растет. Теряется и время. Последовательное тестирование в целом занимает больше времени, потому что каждый результат порождает следующий запрос. Одна широкая панель, назначенная при постановке диагноза, сразу отвечает на все актуальные вопросы, а лаборатория может заново проанализировать сохраненные данные, когда появится новый препарат для гена, уже включенного в панель. Исследования при раке легкого показали, что одногенные стратегии пропускают часть таргетируемых изменений, которые улавливает широкая панель, просто потому, что нужный ген никогда не исследовали.
Экономия времени особенно важна при быстрорастущих опухолях.
Ткань или кровь
| Характеристика | NGS ткани | Жидкостная биопсия |
|---|---|---|
| Образец | Биопсийный или операционный блок | Две пробирки крови |
| Срок выполнения | Около двух недель | Около одной недели |
| Слияния и изменения числа копий | Выявляются хорошо | Выявляются менее надежно |
| Отрицательный результат | Надежен при достаточном содержании опухоли | Не исключает мутацию, если опухоль выделяет мало ДНК |
| Оптимальное применение | Первый выбор при постановке диагноза | Когда ткани мало, биопсия рискованна или нужно отслеживать резистентность |
Когда используют кровь
Может ли анализ крови заменить биопсию?
Как проводится тест
Сроки
| Этап | Время | Примечание |
|---|---|---|
| Получение или доставка блока | От одного до пяти дней | Дольше, если блок хранится в другой больнице |
| Выделение и секвенирование | От пяти до семи дней | При неудачном запуске исследование повторяют, если позволяет объем ткани |
| Анализ и заключение | От двух до четырех дней | Сложные находки выносятся на молекулярный онкологический консилиум |
Чтение заключения
| Термин | Значение | Почему это важно |
|---|---|---|
| Частота варианта аллеля | Доля прочтений ДНК, несущих изменение | Около 50 процентов может указывать на наследственную мутацию |
| Вариант неопределенного значения | Изменение, эффект которого неизвестен | Не используется для решений, может быть переклассифицировано позже |
| Мутационная нагрузка опухоли | Число мутаций на миллион букв ДНК | 10 и более может предсказывать ответ на иммунотерапию |
| Высокая MSI | Утрата системы проверки правописания ДНК | Выраженный ответ на иммунотерапию |
| Клинически значимая находка | Связана с одобренным препаратом или исследованием | Именно такие находки меняют лечение |
- Выявленные изменения, упорядоченные по силе доказательств их связи с лечением.
- Подобранные препараты и исследования.
- Полногеномные маркеры и пометка, если образец был слишком мал для их оценки.
Уровни доказательности
| Уровень | Значение | Действие |
|---|---|---|
| I | Доказанная польза при этой опухоли | Применять подобранный препарат |
| II | Обнадеживающие данные, ожидающие подтверждения | Рассмотреть, обычно в рамках исследования |
| III | Доказано при другом типе опухоли | Исследование или обсуждение применения вне инструкции |
| От IV до X | Только лабораторные данные или их отсутствие | Никаких действий вне научных исследований |
Наследственные находки
Из 1 040 пациентов с распространенным раком у 182 (17,5 процента) были клинически значимые мутации, повышающие предрасположенность к раку, а у 101 (9,7 процента) эти мутации не были бы выявлены при использовании клинических рекомендаций (Mandelker и соавторы, JAMA, 2017).
Когда ничего не найдено
Нет клинически значимых изменений
Что, если тест не удастся?
Тесты, которые NGS не заменяет
| Тест | Опухоль | Почему он отдельный |
|---|---|---|
| Рецепторы эстрогена и прогестерона, HER2 | Молочная железа, желудок | Уровни белка измеряются окрашиванием ткани |
| PD-L1 | Легкое, желудок, голова и шея, шейка матки и другие | Направляет иммунотерапию, измеряется окрашиванием |
| Белки системы репарации неспаренных оснований | Кишечник, тело матки и другие | Быстрый скрининг окрашиванием, дополняющий определение MSI методом NGS |
| HER2-low и ultralow | Молочная железа | Градации окрашивания, определяющие назначение трастузумаба дерукстекана |
NGS прочитывает гены. Окрашивание измеряет белки. Для планирования современного лечения рака нужны оба подхода.
Повторное исследование
Опухоль меняется под действием лечения.
Когда таргетный препарат перестает работать, новое исследование находит причину, вторую мутацию в том же гене или переключение на другой сигнальный путь, и указывает на следующий препарат. Жидкостная биопсия хорошо подходит для этой задачи. Новая биопсия ткани растущего очага дает наиболее полный ответ, когда она безопасна.
Сроки тоже имеют значение. Исследование при постановке диагноза определяет первое лечение. Повторное исследование при прогрессировании определяет второе, а при раке легкого с мутацией EGFR поиск изменения резистентности под названием C797S или новой амплификации MET стал частью рутинного наблюдения в центрах, которые ведут пациентов на таргетной терапии многие годы.
Для пациентов из других стран
Отправка образцов без поездки
Один координатор отдела международных пациентов ведет все организационные вопросы с первого сообщения до выписки и отвечает по тому же номеру WhatsApp после вашего возвращения домой. Отдел работает на английском, арабском, французском, русском, сербском, румынском и испанском языках и приглашает переводчиков для других языков, а также оформляет приглашение для визы, трансферы из аэропорта, ежедневный транспорт и проживание рядом с больницей. Доступны халяльное, вегетарианское и диабетическое питание, молитвенная комната на территории и врач-женщина по запросу, когда это позволяет график.
Стоимость
| Позиция | Включено | Оплачивается отдельно |
|---|---|---|
| Исследование | Секвенирование согласованной панели, ДНК и РНК там, где это оговорено | Повторный запуск на другом блоке, жидкостная биопсия |
| Интерпретация | Заключение молекулярного патолога, рассмотрение сложных находок на консилиуме | Генетическое консультирование и подтверждение наследственных находок по крови |
| Консультация | Разъяснение результата онкологом | Последующее лечение |
Цена зависит от размера панели, от того, прочитывается ли РНК и секвенируется ли кровь вместе с опухолью.
Более дешевая небольшая панель, которая пропускает нужный ген, в итоге обходится дороже.
Источники
- Mosele MF, Westphalen CB, Stenzinger A, et al. Recommendations for the use of next-generation sequencing (NGS) for patients with advanced cancer in 2024. A report from the ESMO Precision Medicine Working Group. Ann Oncol. 2024;35(7):588-606.
- Drilon A, Laetsch TW, Kummar S, et al. Efficacy of larotrectinib in TRK fusion-positive cancers in adults and children. N Engl J Med. 2018;378(8):731-739.
- Mandelker D, Zhang L, Kemel Y, et al. Mutation detection in patients with advanced cancer by universal sequencing of cancer-related genes in tumor and normal DNA vs guideline-based germline testing. JAMA. 2017;318(9):825-835.
- Zehir A, Benayed R, Shah RH, et al. Mutational landscape of metastatic cancer revealed from prospective clinical sequencing of 10,000 patients. Nat Med. 2017;23(6):703-713.
Примечание редактора
Подготовлено медицинской редакцией Biruni Hospital. Проверено: Assistant Professor Gültekin AKYOL, Неотложная медицина.
Медицинскую проверку провёл
Assistant Professor Gültekin AKYOL
Неотложная медицина
Смежные виды лечения
Смотреть все
Антиангиогенная терапия
Антиангиогенная терапия блокирует VEGF, сигнал, с помощью которого опухоль выращивает собственные сосуды. Бевацизумаб вводят капельно вместе с химиотерапией или иммунотерапией, а таблетки, такие как сунитиниб, акситиниб, кабозантиниб и ленватиниб, принимают дома. Лечение применяют при раке кишечника, печени, почки, яичников, шейки матки, легкого и щитовидной железы. Наши онкологи проверяют артериальное давление, риск кровотечения и сроки операции до первой дозы и наблюдают вас после возвращения домой.
Второе мнение по лечению рака
Второе мнение при раке включает повторное чтение гистологических стекол и снимков, проверку стадии и вынесение плана на онкологический консилиум. Обзоры показали, что диагноз, лечение или прогноз менялись в 12 до 69 процентах случаев, а в большинстве остальных подтверждались. Пересмотр возможен дистанционно по вашим документам или во время визита на три до пяти дней.
Дендритноклеточная терапия и дендритноклеточная вакцина
Дендритноклеточная вакцина обучает иммунную систему с помощью клеток из собственной крови пациента. Идея обоснована, но за тридцать лет исследований одобрена одна вакцина, в одной стране, при одном виде рака. В этом руководстве изложено, что показали исследования при раке простаты, глиобластоме и меланоме, как оценивать предложение клиники и какие доказанные варианты остаются.
Жидкая биопсия при раке, циркулирующая опухолевая ДНК
Одна пробирка крови может ответить на три вопроса. Какой препарат подходит при распространенном раке, остались ли опухолевые клетки после операции и есть ли рак у здорового человека. Доказательная база исследований есть только у первых двух применений. В этом материале разбирается каждый вид теста, что означает положительный или отрицательный результат, откуда берутся ложные тревоги и как результаты обрабатываются при обращении из другой страны.
Иммунотерапия при раке
Иммунотерапия снимает тормоз, который опухоль ставит иммунной системе, и ингибиторы контрольных точек дали пятилетнюю выживаемость при меланоме, раке легкого, почки, мочевого пузыря и других опухолях, где раньше ее не было. Здесь описано, как работают эти препараты, почему они помогают одним пациентам и не помогают другим, какие виды рака отвечают на лечение, что показывают пятилетние исследования, как проходит курс инфузий, какие бывают иммуноопосредованные побочные эффекты и их тревожные признаки, а также как пациенты из других стран организуют лечение в Стамбуле.